星际异常管理局作为一个科学研究性的机构，其工作也是极其繁多的，因此管理局建立多个专项部门维持管理局的运营，这些部门有负责安保的，有负责研究的，有负责后勤的，不管是哪种，都是管理局不可或缺的。
普通部门
部门全称：情报掩盖部门（Perfect Rumor Association）
部门简称：PRA
部门科目：[数据删除]
部门描述：允许使用管理局的一定资源将某个项目变成“谣言”（处决）
部门全称：深海勘探部(Ocean Watcher Department)
部门简称：OWD
部门科目：深洋生物研究学
部门描述：深海勘探部专门进行深洋区域探索及深海异常记录，尽量避免干扰异常，以便对于异常进行研究
部门全称：空间管理部门(Space Management Department)
部门简称：SMD
部门科目：异常空间传输学
部门描述：空间管理部门主要负责管理空间异常，并抑制或消除空间异常所造成的危险事件。同时负责管理部分难以收容的APR项目
部门全称：幻象研究部门（Phantom Research Department）
部门简称：PRD
部门科目：幻象破坏学
部门描述：针对幻象或模因造成的广泛影响进行修复或者抑制
部门全称：感官维护部门(Sensory Maintenance Department ）
部门简称：SRMT
部门科目：视觉改良学
部门描述：针对能影响视觉的科技手段或异常物体进行改良及抑制
部门全称：异常感染部门(Abnormal infection department）
部门简称：AID
部门科目：感染限制学
部门描述：异常感染部门通常负责管理会出现大规模感染的异常物品
部门全称：认知武器化研究部(Cognitive Weaponization Research Department）
部门简称：CWRD
部门科目：认知异常学、异常武器学、模因动力学
部门描述：专门负责研究那些能够将认知、感知或行为模式转化为物理效应的异常。部门的主要职责包括：
- 分析异常对于心理、认知或幻象因素转化为可操作或具破坏性的效应机制；
- 研究阻止认知异常武器化潜力扩散策略；
- 结合幻象、感官异常及物理实体化的学科，对异常的潜在军事或防护应用进行理论研究。